对第五研究所发生的事情一无所知的罗伊致电休斯中佐询问着近况。休斯调侃着搪塞了罗伊，极力的把所发生的一切隐瞒了起来，为了避免不必要的麻烦私下里与阿姆斯特朗，罗丝少尉等商定瞒过大总统，带领士兵前去支援。但是，在整装待发之时不小心惊动了大总统。本以为会受到一番严厉的处分教训。意想不到的是大总统出奇的和气，仿佛早就通晓了一切，并镇定自若地宣布亲自带领众将士去保卫年轻国家炼金术士的安危。众人的脸上露出了喜悦的神色。只有休斯的眼里跃动着不解与怀疑的目光。
    第五研究所深处，斯卡与阿尔并肩战斗着。由于实力的不济，阿尔被迫困在了角落里。斯卡则被霍尔蒙克斯踢倒在地，滚落向地表的深处。格拉特尼俯身望去。这正是之前关押迷之男的房间。屋内的顶部早已被破坏，墙壁上刻划着整齐的符纹，诡异的气息弥漫开来，格拉特尼害怕了起来，似乎这个曾经有着某些联系的被同伴们称为“葛利德”的男子仍躲在某里默默的注视着。于是两个人造人决定带上已被破坏了身体的阿尔前往深处......
    爱德冷静的在研究所深处的天花板上制造出了一个炼成阵，并且把地上的炼成阵改变成了前所未有的七角形状，决定把两个炼成阵进行压缩，精炼，以用来试验性的从相邻的两个房间内的半成品红石中提取贤者之石，并打算如果试验成功恢复阿尔的身体以后就放弃当前的一切，回到以前的生活中去......
    迷题一个个的出现，丝毫没有收势的迹象。曾经被斯卡杀害的铁血炼金术师——巴斯特·格兰准将意外的出现在了第五研究所相连的监狱内。并带着囚犯们来到了与爱德作试验相邻的房间内，仿佛是事先与塔克商量好以此来欺骗爱德，并蒙蔽性的使爱德进行人体炼成来取得贤者之石。
    囚犯当中有个人异常的冷静，一脸的不屑与双手上的炼成阵诉说着自己的与众不同。这个人就是曾经的国家炼金术师：红莲炼金术师---金布利。原本在伊休巴尔战争中充当将领的他因为在战场上不分敌我的随便通过人身体内的水分制造成炸弹来滥杀无辜，也因此成为了阶下囚。囚徒们不安了起来，金布利与一位囚徒发生了口角，把对方逼向了墙角并制造成炸弹...伴随着血肉横飞的轰鸣声，连接爱德试验房间的墙壁被炸开了。
    爱德被惊呆了，忘着眼前众多囚徒似乎察觉到了什么。眼前曾经亲眼目睹巴斯特·格兰准将只不过是人造人恩比所幻化的，爱德曾经亲眼目睹过格兰被杀害的过程，一眼就辨认了出来。由于之前的连续战斗，早已不堪重负的身体和机械臂完全没有了应对的能力。也只能被恩比拳脚所凌辱。人群骚动了起来。拉斯特出现在了眼前，毁掉了No.66的血印，继而又把毒手伸向了格拉特尼所拖来的阿尔的血印上，以此来要挟爱德通过囚犯的生命当材料来制造贤者之石，因为她只是想通过贤者之石变成真正的人类。
    爱德为了弟弟的安危毅然决定放弃自己不想伤及无辜的原则进行炼成。阿尔声嘶力竭的叫喊着想阻止，残缺的身体也只能无奈的躺在角落里，任凭着人造人嚣张。关键时刻，斯卡赶到破坏了几灌巨大的半成品贤者之石溶液。并示意爱德带上弟弟迅速逃离。爱德慌乱中踩到了喷洒在地的溶液上，身体瞬间成无意识控制状态。炼成能力无限增辐。（比八神的暴走还要帅上一万倍，果然是帅呆了）场面一时无发控制。第五研究所乱作一团...
    金布利称乱逃了出来，迷之男葛利德也不知从哪里冒了出来。部分监狱里的犯人们也都逃了出来，这些人好像是似曾相识的会意了一下，一起走在了逃出研究所的道路上。军队如期而至。眼前便是仍在无限增辐炼金力的爱德。罗丝少尉不顾个人安危，冒着生命危险毅然的蹒跚向前，抱住了暴走的爱德。倾刻间，爱德身上的强烈气息立刻平静了下来。瘫软在了罗丝的怀抱中，无意的叫出了“妈妈”...
    阿姆斯特朗把失去知觉的兄弟二人抱出了第五研究所，军队中一片赞叹声。然而，人造人确已经化装成军队的士兵在众目睽睽下逃离了第五研究所......