得知贤者之石的制作材料竟然是活人，使得兄弟俩为追寻的东西竟然要靠牺牲众多的生命来完成这一事实懊恼不已。而受命保护爱德兄弟的罗斯少尉是个异常细心而终于职守的人，当她得知了情况以后。用自己的真心去鼓励帮助爱德。在她的劝慰下爱德重新振作了起来。根据马尔科的手记仔细分析，把目标锁定在了已荒废已久的“第五研究所”。而那里的主要负责人则是已经被斯卡杀死的巴斯特·格兰准将。
    另一方面，在休斯中佐的工作室中，“书虫”小姐与这位嗜女儿为珍宝的人也在紧张的忙碌着...（拜托，女儿的照片不要乱给人看呀。）
    罗丝少尉出于爱德兄弟安全的考虑阻止了他们俩的行动，爱德口头表示同意，可兄弟俩还是称着夜幕逃了出来，决定以身冒险。
    斯卡闯入了保护爱德的地方。通过自己的特殊能力迅速解读了马尔科的手稿，追随兄弟二人的脚步而去。
    第五研究所内处机关重重，由于通道狭窄。爱德决定自己前去，让阿尔留在外面。由于个子小的原因爱德避免了很多麻烦。（此时的爱德头一次感觉个子小的好处呀！）而在前面等着他的却是称自己为No.48的铠甲男，以及外面迎接阿尔的No.66铠甲男。深藏与研究所地下的迷之男也睁开了双眼。一切-------还都是迷！